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bpRNA_CRW_19104	GGUUGCGGCCAUAUCAAGUGGAAAAUACUGUUUCCUGUCCGAUCAACGUUAGUCAAGCCACUUAGAGCCACAGCGAGUAAUGCAGUUGGAGACAAUGCGUGAAAUUGUGGUGCUGCAAUCUUUUU	(((((((((....((((((((....(((((((............))))...)))...)))))).)).(((((.......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).....	SSSSSSSSSMMMMSSSSSSSSIIIISSSSSSSHHHHHHHHHHHHSSSSBBBSSSIIISSSSSSBSSMSSSSSIIIIIIISSSSSBSSSHHHHSSSSSSSSIIIIISSSSSMSSSSSSSSSEEEEE	NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
bpRNA_CRW_19108	ACAUACGACCAUAGACAGCUGAAAAUACGGCAUCCCGUCCGCUCUGCCCGAGUCAAACAGCUGAUCGCCAGACUAGUACUCAGGUGGGUGACCACUGGGGAAUCCCUGGUGUUGUAUGUUU	(((((((((....((((((((....(((((((............))))...)))...)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))))..	SSSSSSSSSMMMMSSSSSSSSIIIISSSSSSSHHHHHHHHHHHHSSSSBBBSSSIIISSSSSSBSSMSSSSSIIIIIISSSSSBSSSHHHHSSSSSSSSIIIIISSSSSMSSSSSSSSSEE	NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
bpRNA_CRW_19109	AGCUGGGGCCAUAUGAACCUAUAAGUACCGCAUCCCGUCCCGAUCUGCGAAGUCAAGCAGGUUACAGCUCGGUUAGUACUAUGAUGGGAGACCACAUGGGAAUACCGGGUGUCCCAGCUU	(((((((((....((((((((....(((((((.............))))..)))...)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))).)	SSSSSSSSSMMMMSSSSSSSSIIIISSSSSSSHHHHHHHHHHHHHSSSSBBSSSIIISSSSSSBSSMSSSSSIIIIIISSSSSBSSSHHHHSSSSSSSSIIIIISSSSSMSSSSSSSSBS	NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
bpRNA_CRW_19118	GCAAUCGGCCAUACUACAUCGAAUAUACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGAAGUCAAGCGGUGUAAGGUUCGGUUAGUACUAGGGUGGGGGACCACCUGGGAAGACCAGAAUGUCGAUCGCCUCCC	(((((((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....)).))).))))))))).....	SSSSSSSSSMMMMSSSSSSSSIIIISSSSSSSHHHHHHHHHHHHSSSSBBSSSIIISSSSSSBSSMSSSSSIIIIIISSSSSBSSSHHHHSSSSSSSSIIIIISSBSSSMSSSSSSSSSEEEEE	NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
bpRNA_CRW_19131	AAGUUACGGCCACAUCAUCGUGAAAAGACCAAAUCCCGUCCGAUCUUUGCAGUCAAACACGAUCGAGCUUCGUCAGUACUAUGGUGAGAGAUCACAUGGGAAUACGAAGUGCUGUAAUUU	(.((((((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))).)	SISSSSSSSSMMMMSSSSSSSSIIIISSSSSSSHHHHHHHHHHHHSSSSBBSSSIIISSSSSSBSSMSSSSSIIIIIISSSSSBSSSHHHHSSSSSSSSIIIIISSSSSMSSSSSSSSIS	NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
bpRNA_CRW_19132	GUGUACGGCUAUACUACCGGAAAAGCGCCCGUUCCCGUCCGAUUACGAGAGCCUAGCCCGGUCAGGCCCGACUAGUACUAGGGUGGGGGACCACCUGGGAACAUCGGGUGCUGUACACU	(((((((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).	SSSSSSSSSMMMMSSSSSSSSIIIISSSSSSSHHHHHHHHHHHHSSSSBBSSSIIISSSSSSBSSMSSSSSIIIIIISSSSSBSSSHHHHSSSSSSSSIIIIISSSSSMSSSSSSSSSE	NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
bpRNA_CRW_19137	GUAUACGGCCAUACUAGGUUGGAAACACAUCAUCCCGUUCGAUCUGAUAAGUAAAUCGACCUCAGGCCUUCCAAGUACUCUGGUUGGAGACAACAGGGGAACAUAGGGUGCUGUAUACU	(((((((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).	SSSSSSSSSMMMMSSSSSSSSIIIISSSSSSSHHHHHHHHHHHHSSSSBBSSSIIISSSSSSBSSMSSSSSIIIIIISSSSSBSSSHHHHSSSSSSSSIIIIISSSSSMSSSSSSSSSE	NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
bpRNA_CRW_19141	GUACGAUCAUACUUGGCCGUAAGCACCCGUUCUCAGCCGACCACGGAAGUUAAGCGGUUAUAGGCUGUGUUAGUACUUGGCUGGGUGACCGCCUGGGAACUCACAGUGUCGUACUU	(((((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))..	SSSSSSSMMMMSSSSSSSSIIIISSSSSSSHHHHHHHHHHHHSSSSBBSSSIIISSSSSSBSSMSSSSSIIIIIISSSSSBSSSHHHHSSSSSSSSIIIIISSSSSMSSSSSSSEE	NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
bpRNA_CRW_19191	GCUUACGGCCAUACCAGCCUGAAUACGCCCGAUCUCGUCCGAUCUCGGAUCCCAAGCAGGUAAGGGCCUGGUCAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGAAAUAUCAGGUGCUGUAAGCUU	(((((((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))))..	SSSSSSSSSMMMMSSSSSSSSIIIISSSSSSSHHHHHHHHHHHHSSSSBBSSSIIISSSSSSBSSMSSSSSIIIIIISSSSSBSSSHHHHSSSSSSSSIIIIISSSSSMSSSSSSSSSEE	NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
bpRNA_CRW_19472	GUCGACGCUCAUACUAGGUUGGGUCCACCCGAUCUCGUUCGAUCUCGGCAGUUAAACAACCUUAGGCCUCGUUAGUACUUGAAUGCGUGAGCGUCUGGGAAUACGAGGUGGUGUCGACUU	(((((((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))))..	SSSSSSSSSMMMMSSSSSSSSIIIISSSSSSSHHHHHHHHHHHHSSSSBBSSSIIISSSSSSBSSMSSSSSIIIIIISSSSSBSSSHHHHSSSSSSSSIIIIISSSSSMSSSSSSSSSEE	NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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bpRNA_CRW_19918	GUGAUGCGUUCAUACUACUUCGAAAGCACCCGAUCCCAUCAGAACUCGGAAGUUAAGCGGAGUUAGGCCGGUCUAGUACUGAGUUGAGUGAUCACUCGGGAAUCACCGGUGACGCAUUGC	(.((((((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).	SBSSSSSSSSMMMMSSSSSSSSIIIISSSSSSSHHHHHHHHHHHHSSSSBBSSSIIISSSSSSBSSMSSSSSIIIIIISSSSSBSSSHHHHSSSSSSSSIIIIISSSSSMSSSSSSSSSE	NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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bpRNA_CRW_20037	AAUGUCUACGGCCAUACCUAGGCGAAAACACCAGUUCCCGUCCGAUCACUGCAGUUAAGCGUCUGAGGGCCUCGUUAGUACUAUGGUUGGAGACAACAUGGGAAUCCGGGGUGCUGUAGGCCU	...(((((((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))))..	EEESSSSSSSSSMMMMSSSSSSSSIIIISSSSSSSHHHHHHHHHHHHSSSSBBSSSIIISSSSSSBSSMSSSSSIIIIIISSSSSBSSSHHHHSSSSSSSSIIIIISSSSSMSSSSSSSSSEE	NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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bpRNA_CRW_20077	ACAGCCGUUCAUACCACACGGAGAAUACCGGAUCUCGUUCGAACUCCGCAGUCAAGCCGUGUCGGGCGUGCUCAGUACUACCAUAGGGGACUGGGUGGGAAGCGUGCGUGACGGCUGUU	(((((((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).	SSSSSSSSSMMMMSSSSSSSSIIIISSSSSSSHHHHHHHHHHHHSSSSBBSSSIIISSSSSSBSSMSSSSSIIIIIISSSSSBSSSHHHHSSSSSSSSIIIIISSSSSMSSSSSSSSSE	NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
bpRNA_CRW_20102	AUCCGCGGCCAUAGGAUCAGGAAAGCACCGCAUCCCGUCCGAUCUGCGAAGUUAAGCCUGAUACCGCCGAGUUAGUACUAAGGUAGGGGACUACUUGGGAAUCCUGGGUGCUGCGGUU	(((((((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))))	SSSSSSSSSMMMMSSSSSSSSIIIISSSSSSSHHHHHHHHHHHHSSSSBBSSSIIISSSSSSBSSMSSSSSIIIIIISSSSSBSSSHHHHSSSSSSSSIIIIISSSSSMSSSSSSSSS	NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
bpRNA_CRW_20119	AUCCUCGGCCAUAGAAUGACGAAAACGACGCGUCCCGUCCGAUCUGCGAAUCUAAGCGUCGUAUCGCUAGGUUAGUACCAAGGUGGGGGACCACUUGGGAAUCCCUAGUGCCGAGGUU	(((((((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))))	SSSSSSSSSMMMMSSSSSSSSIIIISSSSSSSHHHHHHHHHHHHSSSSBBSSSIIISSSSSSBSSMSSSSSIIIIIISSSSSBSSSHHHHSSSSSSSSIIIIISSSSSMSSSSSSSSS	NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
bpRNA_CRW_20738	GGGGGAUUAGCUCAAAUGGUAGAGCGCUCGCUUAGCAUGCGAGAGGUAGCGGGAUCGAUGCCCGCAUCCUCCACCA	(((((((..((((........))))((((((.......))))))....(((((.......))))))))))))....	SSSSSSSMMSSSSHHHHHHHHSSSSSSSSSSHHHHHHHSSSSSSMMMMSSSSSHHHHHHHSSSSSSSSSSSSEEEE	NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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bpRNA-spot

bpRNA-spot is a collection of the datasets used by SPOT-RNA for RNA secondary structure prediction.

The dataset is released as a composite repository, bpRNA-spot, and three numbered component repositories:

bpRNA-spot-0: the initial bpRNA split, TR0, VL0, and TS0.
bpRNA-spot-1: the PDB transfer-learning split, TR1, VL1, and TS1.
bpRNA-spot-2: the NMR-only evaluation split, TS2.

bpRNA-spot concatenates the components in order:

train: TR0 + TR1
validation: VL0 + VL1
test: TS0 + TS1 + TS2

The TR0/VL0/TS0 split is a subset of bpRNA-1m. It applies CD-HIT (CD-HIT-EST) to remove sequences with more than 80% sequence similarity from bpRNA-1m. It further randomly splits the remaining sequences into training, validation, and test sets with a ratio of approximately 8:1:1.

The TR1/VL1/TS1 split contains high-resolution PDB RNAs used for transfer learning. TS2 contains 39 RNAs solved by NMR and is used for post-training evaluation.

All secondary structures are stored as dot-bracket notation. For the sequence/label splits, base pairs that would make a nucleotide pair with multiple partners are removed before converting to dot-bracket notation. Non-A/C/G/U symbols in those sequence files are normalized to N.

Schema

Column	Description
`id`	Identifier of the sequence.
`sequence`	RNA sequence.
`secondary_structure`	Secondary structure in dot-bracket notation. Pseudoknots may use bracket tiers beyond `()`.
`structural_annotation`	bpRNA-style structural annotation generated from the stored dot-bracket structure.
`functional_annotation`	bpRNA-style functional annotation generated from the stored dot-bracket structure.

Disclaimer

This is an UNOFFICIAL release of the bpRNA-spot by Jaswinder Singh, et al.

The team releasing bpRNA-spot did not write this dataset card for this dataset so this dataset card has been written by the MultiMolecule team.

Related Datasets

bpRNA-1m: A database of single molecule secondary structures annotated using bpRNA.
bpRNA-new: A dataset of newly discovered RNA families from Rfam 14.2, designed for cross-family validation to assess generalization capability.
RNAStrAlign: A database of RNA secondary with the same families as ArchiveII, usually used for training.

License

This dataset is licensed under the GNU Affero General Public License.

For additional terms and clarifications, please refer to our License FAQ.

SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0-or-later

Citation

@article{singh2019rna,
  author    = {Singh, Jaswinder and Hanson, Jack and Paliwal, Kuldip and Zhou, Yaoqi},
  journal   = {Nature Communications},
  month     = nov,
  number    = 1,
  pages     = {5407},
  publisher = {Springer Science and Business Media LLC},
  title     = {{RNA} secondary structure prediction using an ensemble of two-dimensional deep neural networks and transfer learning},
  volume    = 10,
  year      = 2019
}

@article{darty2009varna,
  author    = {Darty, K{\'e}vin and Denise, Alain and Ponty, Yann},
  journal   = {Bioinformatics},
  month     = aug,
  number    = 15,
  pages     = {1974--1975},
  publisher = {Oxford University Press (OUP)},
  title     = {{VARNA}: Interactive drawing and editing of the {RNA} secondary structure},
  volume    = 25,
  year      = 2009
}

@article{berman2000protein,
  author    = {Berman, H M and Westbrook, J and Feng, Z and Gilliland, G and Bhat, T N and Weissig, H and Shindyalov, I N and Bourne, P E},
  journal   = {Nucleic Acids Research},
  month     = jan,
  number    = 1,
  pages     = {235--242},
  publisher = {Oxford University Press (OUP)},
  title     = {The Protein Data Bank},
  volume    = 28,
  year      = 2000
}

The artifacts distributed in this repository are part of the MultiMolecule project. If you use MultiMolecule in your research, you must cite the MultiMolecule project as follows:

@software{chen_2024_12638419,
  author    = {Chen, Zhiyuan and Zhu, Sophia Y.},
  title     = {MultiMolecule},
  doi       = {10.5281/zenodo.12638419},
  publisher = {Zenodo},
  url       = {https://doi.org/10.5281/zenodo.12638419},
  year      = 2024,
  month     = may,
  day       = 4
}

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multimolecule.danling.org

Models trained or fine-tuned on multimolecule/bprna-spot